Neves közéleti szereplők, civil és emberi jogi szervezetek, illetve több egyház nyílt levelében sürgeti a kormányt, hogy törölje a Fidesz-éra idején hozott diszkriminatív egyházpolitikai rendelkezéseket. Ha a baloldali kabinet nem állja szavát, az intézményesített megkülönböztetés január elsejétől már százmilliós nagyságrendű veszteségként jelentkezik a hivatalosan bejegyzett felekezetek több mint kilencven százalékánál.
Legaktuálisabbnak a népszámlálási adatokkal való visszaélésre épített, 2003. január elsejével hatályos törvényi rendelkezés kérdése tűnik. Ennek értelmében az egyházaknak juttatandó 1 százalékos adófelajánlások állami kiegészítését ezentúl nem a felajánlók, hanem a népszámlálási adatok arányában osztanák szét a felekezetek között. Magyarra fordítva ez annyit tesz, hogy a korábbi, igazságosnak nevezhető szisztéma helyett most csupán a római katolikus és a református egyháznál keletkezik sok tízmilliós többletbevétel, míg az összes többi felekezet más forrásból kell hogy pótolja a hiányt. A Bárándy Péter igazságügy-miniszter által is egyértelműen alkotmányellenesnek tartott rendelkezés kiötlője természetesen az a Semjén Zsolt volt, aki az Orbán-kormány egyházügyi helyettes államtitkáraként nem egyszer ragadtatta magát odáig, hogy beismerje: állami tisztségviselőként is anyaszentegyházát képviseli. Semjén egyébként kezdetektől ott bábáskodott az egyszázalékos törvény körül, így például az ő nevéhez köthető, hogy kétfelé vált a felajánlási lehetőség - civil szervezetnek és egyháznak juttatandó támogatás néven -, miután a rendszer bevezetését követő első éves tapasztalat nem kedvezett a katolikus érdekeknek.
A 2001 decemberében megszavazott törvény bevezetése ellen tiltakozók Medgyessy Péterhez intézett nyílt levele arra emlékezteti a miniszterelnököt, hogy már ugyanazon év januárjában társadalmi ellenállásba ütközött a népszámlálási kérdőív vallási hovatartozást firtató kérdése. Az események azóta világosan igazolták a kifogást emelőket, hiszen az egyébként sem a realitást tükröző adatokat az akkori kormányzat ténylegesen felhasználta politikai célokra. A megkérdezett állampolgárok ugyanis egyrészt vagy nem válaszoltak - voltak olyan felekezetek, melyek fel is szólították erre híveiket -, vagy ha válaszoltak is, nem azért tették, hogy ez bármiféle pénzelosztási szisztéma hivatkozási alapjává váljék. A nyílt levél megfogalmazói azt kérik a kormány fejétől, hogy még ebben az évben állítsák vissza az eredeti, felajánlási arányokat figyelembe vevő rendelkezést, és hogy eltökéltségüknek nyomatékot adjanak, utcai aláírásgyűjtő akciót szerveznek.
A Miniszterelnöki Hivatalba áthelyezett egyházügyi államtitkárság vezetője, Szalay István úgy ítéli meg, hogy meglehetősen bajosnak látszik idén tető alá hozni egy változtatást, mivel a kormányfő ígéretet tett az egyházaknak, hogy megkérdezésük nélkül egyetlen őket érintő törvényhez sem nyúlnak hozzá. Bár Semjén Zsolték nem kérdezték meg a diszkrimináció kiötlésekor az egyházak véleményét - kivéve talán egyet -, az új államtitkár nekilátott az egyeztetésnek. Elmondása szerint nem sok helyre kellett bekopogni, hiszen a fent említett két tradicionális felekezetet leszámítva mindenki más kárvallottja a rendelkezésnek, de rögtön az elsőnél meg is akadt „az eke vasa”. A római katolikusok ugyanis még tárgyalni sem voltak hajlandók, nemhogy egy esetleges kompromisszumra, és egy nemzetközi szerződésre hivatkozva a Vatikánhoz irányították az állam képviselőjét. Szalay szerint ezek után két megoldás lehetséges, mivel az Alkotmánybírósághoz e témában benyújtott kérdésekre sem érkezett még válasz. Az egyik szerint január elsejétől hatályba lép a népszámlálási adatok alapján történő elosztás, de ez magában hordozza annak a lehetőségét, hogy a kormány csupán emiatt még egyszer nem nyúl már a költségvetési törvényhez, a kedvezményezett egyházak pedig szerzett jogon fogják követelni az igencsak megemelt támogatást, ami komoly tehertételt jelenthet a költségvetésnek. A másik, az államtitkárnak szimpatikusabb verzió értelmében még idén a parlamenti vita során olyan módosító indítvány érkezik a T. Ház elé, amelyet könnyűszerrel szavaznak majd meg a már az előző ciklus idején ellenzékben tiltakozó szocialista és szabaddemokrata honatyák. Szalay szerint a problémát nehezíti, hogy a jobboldali képviselők annak ellenére a helyzet konzerválásán fáradoznak, hogy tisztán látják, mekkora igazságtalanság érné a Magyarországon bejegyzett egyházak jelentős részét.
A változtatást szorgalmazók türelmetlensége érthető, hiszen az MSZP már a parlamenti választások első fordulójában elért sikere után, a Népszabadság hasábjain megjelenő fizetett politikai hirdetésében ígérte meg: „…maradéktalanul biztosítjuk a lelkiismereti és vallásszabadságot”. Szalay István pedig államtitkárrá választásakor tette ugyanezt. Szavaik megvalósításának komoly személyi akadályát jelenti azonban, hogy Semjén Zsolt hivatalával együtt az államtitkár annak két főosztályvezetőjét is átvette. Baloldalról hallható vélekedések szerint mindez egy háttér-megállapodásnak köszönhető, és püspökkari legitimáció jár érte cserébe. A Fidesz és szövetséges egyháza ezzel egyszerre két trójai falovat is betolt az ellenség udvarára, akik az előző négy év egyházpolitikájának folytatásán igyekezve állítólag az orránál fogva vezetik a szerfelett bonyolult hazai helyzettel még csak most ismerkedő matematikust. Egyikük az a Schanda Balázs, aki Semjén oldalán a Lelkiismereti és vallásszabadságról szóló 1990/IV-es törvény sokat vitatott és leszavazott módosítását kidolgozta, majd négyéves munkájának összefoglalójában, illetve a választások két fordulója között, egy jezsuita lapban megjelentetett publikációjában azért kárhoztatta a Fidesz-kormányt, hogy az nem tett meg mindent bizonyos „vitatott vallási csoportok támogatásainak és kedvezményeinek megvonása érdekében”, pedig „egyszerű többséggel vagy rendeleti szintű lépések megtételével” mindez elérhető lett volna.
Donáth László MSZP-s képviselő, evangélikus lelkész szerint önmagában véve már az is pozitívum, hogy „nem folytatódik tovább az a romhalmaz és csőd, amit a Fidesz-kormányzat alatti egyházpolitika jelentett”. Ami pedig az egyházügyi államtitkár aggályait illeti, a politikus megerősítette, hogy sem a szentszéki megállapodás, sem pedig egyéb más nemzetközi egyezmény nem köti a kormány kezét, hogy egy kizárólag a magyar belső jogi szabályozás hatálya alá tartozó kérdésben szabad belátása szerint döntsön. Donáth úgy véli, e döntés meghozatala jelentős mértékben függhet attól, hogy a kormányzat mennyire érzékeli a bevezetés előtt álló új szisztéma más - tehát a római katolikuson kívüli - felekezetek számára elfogadhatatlan voltát. „Látni kell azonban, hogy ma sokkal kisebb az egyházak iránti érdeklődés bármilyen tekintetben, mint az egyszázalékos felajánlási lehetőség bevezetésekor, 1995-ben volt, ugyanis az egyházak morális hitelvesztése felbecsülhetetlen. Az idei két választás két konkrét vesztese Orbán Viktor és a nagyegyházak” - állítja Donáth, hozzátéve, hogy ha a katolikus egyház által annyira óhajtott, népszámlálás alapú pénzelosztás érvénybe lép, akkor a mostani kormányzat magasan megjutalmazza a számára legkeményebb ellenfelét, ennek pedig az egyházakon messze túlmenően politikai üzenete is van.